Il territorio di San Marcellino fu abitato sin dal periodo neolitico. L'origine del paese vero e proprio si colloca intorno al VI secolo d.C. sotto i Longobardi. Le notizie più antiche su San Marcellino parlano di un piccolo villaggio chiamato 'Tre Torri'.
Le sorti del villaggio 'Tre Torri' paiono legate al violento terremoto che distrusse, riducendolo a rovine, il villaggio di Sant'Anastasio, che si trovava tra il comune di Casapesenna e le Tre Torri, e che indusse i superstiti a trasferirsi nel vicino Tre Torri, in cui già si stavano spostando molti abitanti di paesi vicini e di località lontane, come gli abitanti di Piedimonte d'Alife. In questo modo il paese si ingrandì notevolmente e, quasi sicuramente sotto la pressione degli ex-abitanti di Piedimonte d'Alife, il cui santo protettore è San Marcellino Prete e Martire, si pose anche il villaggio delle Tre Torri sotto la protezione di San Marcellino e si mutò quindi il nome del villaggio da Tre Torri in San Marcellino. Quindi il toponimo San Marcellino deriverebbe dalla devozione che gli immigranti provenienti da Piedimonte d'Alife avevano per il martire. Furono loro, infatti, a fondare il nuovo paese, che, trovandosi al confine tra i ducati longobardi di Capua e di Napoli, godette di una certa autonomia fino alla venuta di Rainulfo Drengot, guerriero normanno e fondatore di Aversa.
Insieme a Frignano Maggiore, Marano, Frignano Piccolo e Briana, San Marcellino costituiva uno dei principali raggruppamenti della Liburia, la regione comprendente la Contea di Aversa. La campagna di San Marcellino, che si divideva nel campo di Sant'Arcangelo, di San Giovanni, del Monaco, del Volet Cena, era attraversata da una via pubblica nella contrada Bignola, presso la località Cucumari, cosiddetta per la produzione di cocomeri. Essa confinava col bosco della vicina Villa di Ceparano.Nell'862 San Marcellino fu al centro di una lotta tra Landone II il Giovine e Paldone Rapinato, appartenente ai Napoletani. Nonostante la sconfitta di Paldone a Ferrajano (Frignano Piccolo), le discordie continuarono e i confini di Napoli si estesero fino a Lusciano, Frignano e San Marcellino. La Libura fu così divisa in Liburia Ducale o de partibus Militiae, appartenente ai Napoletani e di cui faceva parte San Marcellino, e in Liburia longobardica, appartenente ai Longobardi di Capua.Notizie più documentate sull'esistenza di San Marcellino risalgono all'XI secolo, alla venuta dei Normanni nell'Italia Meridionale, quando si installarono i feudi e i diritti baronali. I primi baroni del villaggio furono della Famiglia Tovar Di Castiglia che fecero costruire la Cappella del Ss.mo Crocifisso, assegnando ad essa quattro moggi di terreno a titolo di beneficio. In quest'ultimo si trovavano seppelliti molti di questa famiglia. Ai Marchesi Tovar successe la famiglia ducale di Noja e a questa, per mancanza di figli maschi, successe il principe di Sant'Elia, nipote del Cardinale Racca di Messina. In seguito il feudo fu venduto al barone Cafarelli e di lì passò nelle mani dei suoi eredi Siciliani.Dopo l'unità d'Italia, il piccolo centro entrò a far parte della provincia di Terra di Lavoro. Con la soppressione della suddetta provincia nel 1927 e il riassetto territoriale decretato nel ventennio fascista San Marcellino venne accorpata all'odierna Trentola Ducenta.